據世衛組織統計，哪怕是一個表面看起來健康的人，他也會攜帶著5到6種隱性遺傳病的致病基因。所以在近親結婚的時候，夫妻雙方攜帶相同的隱性致病基因的可能性很大，導致后代出現隱性遺傳病的發病率增高。而在隨機婚配（非近親婚配）時，由于夫婦兩人無血緣關系，相同的基因很少，他們所攜帶的隱性致病基因不同，因而不易形成隱性致病基因的純合體（患者）。
此外，高血壓、先天性心臟病、智力低下、無腦兒、精神分裂癥、癲癇和白化病等多基因隱性遺傳病，在近親結婚后代的發病率也高于非近親結婚的后代。因此，目前已經有很多國家通過法律禁止近親結婚。據調查，我國的近親結婚率城市為0.7%左右，農村 1.2%，某些山區農村、海島由于交通不發達，近親婚配更高，因而遺傳性疾病就較多。因此禁止近親結婚是降低以至消除隱性遺傳病發病率，提高人口素質的有效措施，是優生的主要內容之一。
近親結婚的危害
盡管我們提倡甚至明令禁止近親結婚，但是依然會有一些科學家提供出近親結婚并無不可的理據。在澳大利亞西的澳大利亞州，大概有500對夫婦是親表兄妹結婚，而遺傳學家艾倫教授通過對他們的調查，然后得出了這樣一個結論：在西方國家中有一種常見的觀念，表兄妹結婚將會導致遺傳悲劇，但是大量事實證明這個觀念是不正確的。親表兄妹也能生出健康寶寶。這個問題在倫敦東部英國皇家學會的醫藥研討會上引發了熱烈的醫學辯論，一些研究人員和政界人士聲稱，在英國，近親結婚將導致非常嚴重的后果，他們的小孩很可能是畸形甚至過早夭折。以比托教授為代表的反方則發言：“關于婚姻遺傳悲劇，我想更多的是與酗酒和吸煙過多有關。”很多名人像愛因斯坦、達爾文、希特勒等，他們都是親表兄妹間結婚。親表兄妹結婚在有些國家很普遍，比如像在巴基斯坦、南亞和中東國家。
