母體疾病傳染
例如傳染病及內分泌異常等，還有像是弓漿蟲、披衣菌、梅毒等。這些病毒容易導致流產，此約占流產原因的5%，臨床上需要特別小心注意。保持身體的健康以及愉快的心情，才能有健康的孕期。
母體本身患有慢性衰弱性疾病
如結核病與癌癥等。
內分泌缺陷
通常是女性的內分泌機能出現問題，包括黃體功能不足、甲狀腺疾病、糖尿病、男性激素過多或泌乳激素過高等等，均可能是反復流產的原因，此原因約占17%，臨床上抽血檢查激素便可概略了解。
免疫機能異常
這原因造成反復流產的比率最高，約占50%。受精卵須在母體子宮內著床成長，免疫學上，這是屬于同種移殖的一種。因為受精卵一半來自于先生的精子，非太太自己所有，所以有些婦女體內會產生抗體，來攻擊受精卵，使其受到排斥，無法生存于子宮內，以致流產。此種情形牽涉到自己抗體及夫妻間組織是否合適之問題，必須進一步詳細做免疫學檢查，方能了解導致流產之真正病因。
生殖器官異常
如子宮畸型與子宮頸閉鎖不全。子宮畸形包括先天性雙子宮、弓狀子宮、中隔子宮或子宮頸無力等，或是后天性子宮頸無力、子宮內膜粘連、子宮肌瘤、子宮腺肌瘤等，此約占反復流產原因的12%。在月經后接受子宮輸卵管攝影檢查即可了解子宮是否正常或有畸形。
心理及身體的傷害：包括工作繁忙、緊張壓力、使用藥物、胎盤異常、合并內科疾病、精子異常、卵子不新鮮、受精時間不恰當、過分激烈運動等許多原因亦可導致流產，此原因約占10%。
