腦干梗塞已經引起醫療工作者的廣泛關注，對于這種疾病的檢測也有多種方式。

首先，腦栓塞。起病急驟，數秒鐘或數分鐘內癥狀達到高峰，常有心臟病史，特別是心房纖顫、細菌性心內膜炎、心肌梗死或其他栓子來源時應考慮腦栓塞。

其次，腦出血。其發病更急，數分鐘或數小時內出現神經系統局灶定位癥狀和體征，常有頭痛、嘔吐等顱內壓增高癥狀，以及不同程度的意識障礙，血壓增高明顯。但大面積腦梗死和腦出血，以及輕型腦出血與一般腦血栓形成癥狀相似。可行頭顱CT以鑒別。

最后，顱內占位。某些硬膜下血腫、顱內腫瘤、腦膿腫等發病也較快，出現偏癱等癥狀及體征，需與本病鑒別。可行頭顱CT或MRI鑒別。