特殊配方奶粉中，大多數都是無乳糖配方奶粉（又稱“防腹瀉配方奶粉”），和水解蛋白奶粉（也就是俗稱的“防過敏配方奶粉”，分為部分水解和完全水解兩種），適用于有過敏體質的寶寶。奶粉配方中不含任何乳糖成分，大多數用麥芽糊精替代。這種奶粉在加工過程中，將牛乳中的蛋白質進一步水解成氨基酸，降低了牛奶蛋白的致敏性。

1、早產的寶寶：早產兒特殊配方奶粉，專門針對早產兒消化代謝和腎排泄功能差的生理特點設計的，特點為容易消化吸收及熱量高。

2、容易溢奶的寶寶：防溢配方奶粉，適合常常出現溢奶情況的寶貝，這種配方奶粉實在奶粉中摻入了一些可溶性淀粉，使奶液較常規類的稠一些，流動更緩慢，在確保寶寶能吸收到足夠營養成分的前提下，降低來自胃部的壓縮感，有效抑制溢奶。

3、偏食的寶寶：偏食寶寶奶粉，這類奶粉加強了偏食寶寶常缺乏的營養素，可以幫助偏食寶寶獲得全面和均衡的營養，但是不能完全代替普通奶粉，也不能代替日常膳食。

4、牛奶蛋白過敏的寶寶：配方豆奶粉，這類奶粉和傳統的配方奶粉差別在于，是用大豆代表替代了牛奶蛋白，因此適合牛奶蛋白過敏的寶寶食用。