薺薺菜具有很高的藥用價值，具有明目、清涼、解熱、利尿、治痢等藥效。其花與籽可以止血，治療血尿、腎炎、高血壓、咯血、痢疾、麻疹、頭昏目痛等癥。它所含有的薺薺菜酸，能夠有效止血，縮短出血及凝血時間。

薺薺菜含有乙酰膽堿，谷甾醇和季胺化合物，不僅可以降低血液及肝里膽固醇和甘油三酯的含量，而且還有降血壓的作用。薺薺菜含有豐富的胡蘿卜素，因胡蘿卜素為維生素A原，所以是治療干眼病、夜盲癥的良好食物。

薺薺菜所含的登皮甙能夠消炎抗菌，有增強體內維生素C的含量，還能抗病毒，預防凍傷，對糖尿病性白內障病人也有療效。

薺薺菜中所含的二硫酚硫酮，具有抗癌作用。薺薺菜還含有豐富的維生素C，可防止硝酸鹽和亞硝酸鹽在消化道中轉變成致癌物質亞硝胺，可預防胃癌和食管癌。薺薺菜含有大量的粗纖維，食用后可增強大腸蠕動，促進排泄，從而增進新陳代謝，有助于防治高血壓、冠心病、肥胖癥、糖尿病、腸癌及痔瘡等。